2006年3月1日新《企业年度检验办法》(以下简称新《年检办法》)的实施，标志着我国企业年检制度的重大改革。而新《年检办法》基本保留了原来逾期未年检处罚的罚种和处罚幅度，这与新《年检办法》体现的年检制度的整体设计和变化相矛盾。
一、企业逾期年检处罚的变化
新《年检办法》一是针对企业不按规定接受年检和年检中隐瞒真实情况，弄虚作假的违法行为，增加了“责令限期接受年度检验”和“责令改正”的环节。二是规定“企业不按照规定接受年度检验的，由企业登记机关责令其限期接受年度检验”同时通过“并处罚款”的方式对企业实施处罚。三是将责令企业限期接受年检到期以后，对逾期未年检企业实施吊照的公告期从原来的30日延长至60日，从而与《工商行政管理机关行政处罚程序暂行规定》第六十四条有关公告送达的时间要求一致。四是细化了逾期年检罚款的对象，由原《年检办法》规定的公司、非公司企业法人、非法人经营单位细化为公司、分公司、非公司法人及其分支机构、来华从事经营活动的外国(地区)企业和其他经营单位。五是新《年检办法》对于分公司、非公司企业法人及其分支机构、来华从事经营活动的外国(地区)企业以及其他经营单位的逾期年检处罚，不再把违法所得作为罚款数额的参考。六是新《年检办法》规定，年检机关在年检中发现企业违反企业登记管理规定的，除责令改正外还可以依照有关企业登记管理规定进行处罚，从而为适用《公司法》、《公司登记管理条例》等上位法提供了依据。
二、逾期未年检罚款处罚幅度缺乏合理性
企业年检制度性质的变化决定了逾期未年检行为性质的变化。从传统企业年检性质出发，以及根据原《年检办法》第十九条关于“企业未参加年检的性质实际上是企业未被确认经营资格而从事经营的行为”;而根据新《年检办法》，企业逾期未年检只是企业未按时接受登记机关的检查。比较两者的违法性和危害性，前者明显严重于后者。但新《年检办法》对逾期未年检行为的处罚幅度未作调整，仍保持了1万元至10万元的罚款幅度，这缺乏合理性。从理论上说《行政处罚法》的过罚相当原则要求设立和适用行政处罚时，处罚后果必须与行为的违法性、危害性相适应，不能过重或者过轻。从实践上看，公司制企业由于工作疏忽等主客观原因逾期参加年检，即对其处以1万元至10万元的罚款，处罚金额偏高。如XXX有限公司是2005年12月28日注册的，该公司主观上以为不需要年检，疏忽了年检，客观上讲该当事人倘若当初将登记错后2天就可免于处罚，只差2天就要受110万元的处罚，当事人如何能接受。处罚幅度既偏高又不科学，实践中很难得到当事人的认可，处罚也常常很难到位。
三、逾期未年检吊照处罚过于严厉
年检性质的变化还引起了年检吊照处罚上的悖论。传统企业年检定位于企业主体资格的再确认，企业不参加年检则意味着登记机关对其主体资格的否认，企业将承担权利作出被限制的不利法律后果，这符合法律的逻辑。而新企业年检制度定位于企业登记事项的定期检查制度，该制度设计的目的在于通过企业提交登记信息材料，登记机关维护市场主体的档案信息，从而保证市场主体信息的公开性、真实性，为保障市场交易安全，保护交易双方利益和维护市场秩序创造条件。这时再规定对逾期未年检企业实施吊照处罚，则显得过于严厉。因为吊销企业营业执照限制了企业除清算以外所有的权利能力，是最严厉的行政处罚方式。衡量行政管理秩序和市场主体资格两种法益的重要性，以危害后者的利益保障前者的秩序不符合现代法律公正性的要求。
四、逾期未年检处罚制度的改革方向思考
年检制度的改革改变了年检制度的性质，降低了逾期未年检行为的违法性。因此，年检处罚制度改革的方向应当降低罚款处罚的幅度，并将年检处罚按时间段拉开处罚幅度，如6月30日前未提交年检材料处罚XXX元，7月30日前未参加年检的处罚XXX万元，7月30日至9月30日为催办企业年检时间，这期间参加年检的处罚XXX万元，9月30日以后为吊销营业执照处罚。但要减少吊销营业执照。我们建议对于逾期未年检的企业，从保护企业和交易双方利益，有利于行政管理出发，对其采取罚款的处罚，同时降低信用等级;对2年以上(含2年)未参加年检的企业，区分其纳税情况，未正常纳税的，吊销其营业执照;仍正常纳税的，将其纳入“休眠企业数据库”，同时为企业设置救济方式，根据企业申请将其划出数据库，以解决目前实践中遇到的企业被吊照后无法恢复主体资格，及吊销营业执照处罚程序复杂繁琐且面临较大诉讼风险等难题。